多年来，玩家们一直对《魂斗罗》系列的故事充满好奇。
最初的游戏剧情相对简单，主要围绕外星生物入侵地球展开。然而随着游戏版本的不断更新，剧情逐渐变得复杂，出现了许多分支，导致部分情节难以自洽。因此，如今玩家更倾向于认可正统剧情，其他作品则作为参考。
每当新版本发布时，玩家都以为最终BOSS就是幕后黑手，但事实并非如此。
天王创魔心、天王鬼、阴兽、脑垂生命体等外星生物是常见的反派角色，也是玩家的主要对手。
然而，经过对所有版本的梳理后发现，这些外星生物并不是真正的幕后操控者。真正隐藏在暗处的敌人，实力远超这些异形。
游戏主线讲述的是：魂斗罗战士在地球联邦的指挥下成功击退了外星种族。
多年后，人们发现游戏中还有一条隐藏线索，这或许才是被掩盖的真相：
数千年前，一个名为“真神族”莫伊莱的高等文明离开这个星系，为了留下后路，他们在木星建造了一座神殿，并将“莫伊莱遗物”存放其中。
“莫伊莱遗物”是生命的起源，也是真神族的种子。为了保护它，他们设下了“防御机制”，这种机制类似于《普罗米修斯》中的黑水，接触空气后会进化成异形。
真神族离开后，“莫伊莱遗物”逐渐产生了自我意识。
它通过释放信号吸引其他生命体靠近，企图将自己带离这里并繁衍出新的种族。于是，它展示了超越人类科技的能力，吸引了当时地球联邦三位高层的关注。
随后，地球联邦派出飞船前往木星神殿，成功取回了“莫伊莱遗物”。然而，他们并未意识到，木星神殿的“防御机制”已经被激活。为了夺回遗物，“防御机制”持续进化，直到公元2631年完成。
同年，一颗陨石坠落在新西兰附近的加尔加群岛，造访者正是“防御机制”进化后的四名守卫：天王鬼、黑蛇、阴兽魔神像和岩兽魔神像。
天王鬼、阴兽魔神像和岩兽魔神像顺利降落，而黑蛇则因爆炸而身体破碎。
它们到达地球后迅速控制了当地的武装力量，建立了名为“红隼”的组织。
你可能想不到，这些高级外星生物竟然使用了地球老鹰的标志。
《魂斗罗1》发生在2633年，红隼以加鲁加群岛为据点，开始对外扩张。地球联邦派出两名精英战士——比尔·雷泽和兰斯·比恩前往调查并阻止对方计划。
比尔和兰斯摧毁了异形巢穴，消灭了天王鬼龙神和天王创魔心，看似取得胜利。但实际上，这只是小规模的打击，真正的威胁尚未显现。
《魂斗罗2》发生在2634年，南美洲的GX军事训练基地遭到攻击，哈尔将军发出求救信号：“我们受到了强烈攻击……那些怪物卷土重来了。”
比尔和兰斯再次深入敌后，成功完成任务，消灭了天王鬼、阴兽魔神像和阴兽，但并未动摇异形的根本。
《魂斗罗3》发生在2636年，天王鬼再次重生，要求地球联邦交出“莫伊莱遗物”。但遭到拒绝，谈判失败。
此时，异形已经掌握基因融合技术，完全适应了地球环境，并轰炸了一座城市作为警告。
比尔和兰斯奉命摧毁敌军中枢系统，先后消灭了阴兽、天王鬼龙神、天王鬼、天王创魔心、脑垂生命体等，基本清除了天王鬼一脉。
《魂斗罗4》中，黑蛇在坠落地球后逐渐恢复为胚胎状态，随后控制了一个基地，并将自身存放在实验室玻璃容器中等待复苏。（美版中则是人类提取天王鬼细胞制造出黑蛇）
黑蛇最初出现在GB平台的《Operation C》，之后在《魂斗罗4》中再次登场。它以人类为养分，重新唤醒了天王鬼。
黑蛇极具智慧，与雇佣军部队“疯狗”和“毒蝎”合作制造混乱，但最终仍被主角击败。
至此，木星神殿的“防御机制”被彻底清除。其他外传剧情大多与外星文明无关。
那么，真正的幕后黑手是在何时现身的呢？
答案是PS2上的《真魂斗罗》。
地球联邦总部的幕后首脑是三位远古人，他们长期独占地球资源，并策划了前往木星神殿盗取“莫伊莱遗物”的行动。拿到遗物后，虽然无法完全解读，但也从中获得了重要数据，掌握了生命的密码，使三人保持年轻并拥有超常智慧。
如果他们能破解“莫伊莱遗物”，就能掌握生命起源，成为不死不灭的“真神”。
“莫伊莱遗物”虽为高等文明产物，但无法自行破译，一直处于胚胎状态，等待时机成熟。多年来，它一直在悄悄收集地球信息。
多年间，只有兰斯发现了真相，却被三人灭口。
临死前，兰斯选择与天王鬼胚胎融合，变成外表类似人类的怪物，勉强存活下来，并建立“红隼”部队对抗地球联邦。当比尔得知真相后，才意识到所谓的地球防卫战，其实是侵略者在守护“赃物”。
比尔最终反叛，攻入联邦总部。但就在关键时刻，三位远古人意外破解了“莫伊莱遗物”，获得了神秘力量。然而，他们万万没想到，“莫伊莱遗物”是有意识的，一切早就在它的掌控之中。
人类和外星异形都是棋子。
可惜为时已晚，三位远古人被“莫伊莱遗物”完全吸收，成为最终BOSS。
好在遗物刚苏醒，力量未达巅峰，很快被主角团击败。
尽管如此，它仍试图拉主角垫背，但主角团凭借过硬技术将其消灭在空中。
《魂斗罗》的剧情到这里基本完结。后续虽然有新内容，但不再涉及外星文明，似乎也难以再引起共鸣。
注：文中部分图片来自网络，如侵删
